LẮNG NGHE, THÁO GỠ VƯỚNG MẮC TRONG CÔNG TÁC HOÀN THUẾ GTGT

Đến ngày 21/9/2026, ngành Thuế đã ban hành hàng nghìn quyết định hoàn thuế GTGT với tổng số tiền hơn 142 nghìn tỷ đồng. Cùng với đẩy nhanh xử lý hồ sơ, ngành Thuế đang tăng cường số hóa, hướng tới hoàn thuế tự động nhằm rút ngắn thời gian, giảm chi phí tuân thủ và khơi thông dòng vốn cho doanh nghiệp.

Doanh nghiệp phản ánh những điểm nghẽn trong hoàn thuế
 

Tại Hội nghị “Lắng nghe và tháo gỡ khó khăn, vướng mắc trong công tác hoàn thuế GTGT” diễn ra ngày 24/9/2026, đại diện Cục Thuế cho biết, tính đến ngày 21/9/2026, cơ quan Thuế trên toàn quốc đã ban hành 14.508 quyết định hoàn thuế, với tổng số tiền 142.229 tỷ đồng, đạt 82% dự toán pháp lệnh và bằng 144% so với cùng kỳ.

Đáng chú ý, 99% hồ sơ hoàn thuế GTGT được gửi bằng phương thức điện tử; 87% số hồ sơ hoàn trước, kiểm sau được giải quyết trong vòng 6 ngày làm việc.

Trong cơ cấu hoàn thuế, hoàn thuế xuất khẩu chiếm 91% số hồ sơ và 84% tổng số tiền; hoàn thuế dự án đầu tư chiếm 5% số hồ sơ và 16% số tiền. TP.HCM dẫn đầu với 29% số quyết định hoàn thuế, tiếp đến là Đồng Nai 16%, Bắc Ninh 9%, Tây Ninh 7% và Hà Nội 6%.

Bên cạnh những kết quả đạt được, các doanh nghiệp và hiệp hội doanh nghiệp tiếp tục phản ánh một số khó khăn, nhất là tình trạng hồ sơ kéo dài do phải xác minh hóa đơn, chứng từ và thông tin của các nhà cung cấp.

Đại diện Hiệp hội Doanh nghiệp Đầu tư nước ngoài cho biết, một trong những vướng mắc lớn của doanh nghiệp FDI là quá trình rà soát, xác minh chuỗi hóa đơn đầu vào. Khi các đối tác cung ứng ở nhiều địa phương, việc xác minh giữa các cơ quan Thuế có thể kéo dài, ảnh hưởng đến tiến độ giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

Hiệp hội đề xuất áp dụng cơ chế khoanh vùng rủi ro linh hoạt, theo đó nếu chỉ một số hóa đơn phát sinh nghi vấn, cơ quan Thuế có thể tạm giữ phần tiền thuế tương ứng để kiểm tra, thay vì kéo dài việc xử lý toàn bộ số tiền doanh nghiệp đề nghị hoàn.

Đại diện Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam cũng phản ánh việc áp dụng chính sách đối với gỗ nhập khẩu và gỗ xẻ sấy tại một số địa phương chưa thống nhất, dẫn đến khó khăn cho doanh nghiệp trong quá trình sản xuất, xuất khẩu và hoàn thuế GTGT.

Tăng cường minh bạch, đẩy nhanh xử lý hồ sơ

Tại hội nghị, Phó Cục trưởng Cục Thuế Mai Sơn yêu cầu cơ quan Thuế khi tiếp nhận và xử lý hồ sơ cần thông tin rõ cho doanh nghiệp về tình trạng hồ sơ. Trường hợp chưa đủ điều kiện hoàn thuế phải nêu cụ thể lý do, số tiền được hoàn, số tiền chưa được hoàn và nội dung cần tiếp tục xác minh.

Cục Thuế cũng cho biết sẽ tiếp tục rà soát các hồ sơ tồn đọng, tập trung xử lý những trường hợp kéo dài, đồng thời đẩy mạnh ứng dụng dữ liệu trong công tác hoàn thuế.

Theo đại diện Cục Thuế, hiện còn khoảng 0,9% hồ sơ có thời gian giải quyết kéo dài hơn quy định. Các nguyên nhân chủ yếu gồm:

• Hồ sơ kiểm tra trước chưa đầy đủ, chính xác, doanh nghiệp phải giải trình hoặc bổ sung hồ sơ;
• Hồ sơ có dấu hiệu rủi ro liên quan đến hóa đơn, chứng từ thanh toán hoặc đối tác trung gian, cần xác minh với các cơ quan Thuế, Hải quan, ngân hàng, công an;
• Một số trường hợp liên quan đến chính sách cần có ý kiến phối hợp của các cơ quan liên ngành trước khi giải quyết.

Hướng tới hoàn thuế GTGT tự động

Ngành Thuế đặt mục tiêu 100% hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với hoạt động xuất khẩu, đầu tư được tiếp nhận bằng phương thức điện tử và 100% hồ sơ được giải quyết đúng hạn, trừ những trường hợp có dấu hiệu gian lận, trốn thuế hoặc tội phạm.

Để thực hiện mục tiêu này, ngành Thuế sẽ tiếp tục hoàn thiện cơ sở pháp lý cho hoàn thuế tự động dựa trên dữ liệu và quản lý rủi ro, đồng thời phân loại hồ sơ theo mức độ rủi ro để áp dụng các luồng xử lý phù hợp.

Cùng với đó, cơ quan Thuế nghiên cứu sử dụng dữ liệu từ Hải quan, ngân hàng, hóa đơn điện tử và các cơ quan quản lý liên quan để xác định số thuế được hoàn; từng bước giảm các thành phần hồ sơ giấy đối với hoạt động xuất khẩu.

Theo kế hoạch, trong tháng 10/2026, ngành Thuế dự kiến triển khai phiên bản đầu tiên của tờ khai thuế GTGT gợi ý, tiến tới hoàn thiện trong quý IV/2026. Tờ khai được xây dựng trên cơ sở dữ liệu của cơ quan Thuế, kết nối với hóa đơn điện tử để hỗ trợ kiểm soát dữ liệu đầu vào, đầu ra.

Hệ thống hoàn thuế GTGT tự động cũng sẽ được nâng cấp với bộ tiêu chí rủi ro, ứng dụng công nghệ để phân tích chuỗi hóa đơn, xác định số tiền hoàn và kiểm soát từng bước trong quá trình xử lý hồ sơ.

Mục tiêu là rút ngắn thời gian giải quyết, giảm chi phí tuân thủ cho doanh nghiệp, đưa nguồn tiền hoàn thuế trở lại hoạt động sản xuất, kinh doanh nhanh hơn, đồng thời tăng cường kiểm soát rủi ro gian lận và trục lợi chính sách.

Nguồn: Tạp chí Kinh tế Tài chính